Aan de noordzijde van de Apadana staat de indrukwekkende poort van Xerxes, van waaruit een brede trap neerdaalt. Xerxes, die dit bouwwerk liet construeren, noemde het “De poort der Naties”, omdat alle bezoekers deze enige toegang tot het complex moesten passeren op weg naar de Troonzaal om hulde te brengen aan de koning. Het gebouw bestond uit een ruime zaal waarvan het dak werd ondersteund door vier stenen zuilen met klokvormige bases. Parallel aan de binnenwanden van deze zaal liep een stenen bank, onderbroken bij de doorgangen.
De buitenmuren van het bouwwerk, gemaakt van dikke lemen baksteen, waren gedecoreerd met talrijke nissen. De drie muren op het oosten, westen en zuiden, hadden elk een zeer grote stenen doorgang. Twee kolossale stieren bewaakten de westelijke ingang; twee Assyrische stier-mensen stonden aan de oostelijke doorgang. Boven elk van de vier kolossen staat een inscriptie in drie talen gegraveerd die ervan getuigt dat Xerxes de poort heeft gebouwd. De zuidelijke doorgang, die naar de Apadana leidt, is de grootste van de drie. Aan de binnenhoeken van alle deuren zijn draaibare mechanismes gevonden, die een aanwijzing vormen dat er tweevleugelige deuren moeten zijn geweest, waarschijnlijk gemaakt van hout en bekleed met gedecoreerde metaalplaat.

De Harem van Xerxes

De Harem, waar de koninklijke dames woonden, was gebouwd in een L-vorm. De hoofdvleugel lag noord-zuid; de westelijke vleugel liep vanaf het zuidelijke deel van de hoofdvleugel naar het westen.

Binnenin de hoofdvleugel was een grote centrale zuilenhal met een galerij die uitzag op een ruime binnenplaats op het noorden. De hal had vier doorgangen waarvan de staanders versierd waren met reliëfs. Op de staanders van de zuidelijke doorgang stond Xerxes afgebeeld die de hal betreedt. Hij wordt gevolgd door twee bedienden; één heeft een vliegenmepper en de andere houdt een parasol boven het hoofd van de koning. Op de deurstijl van de oostelijke ingang staat een reliëf waarop Xerxes strijdt met een monster met een leeuwenkop. De reliëfs op de westelijke deuropening tonen de koning in gevecht met een leeuw. De verblijven van de koningin zijn niet precies bekend, maar dit indrukwekkende centrale gedeelte was waarschijnlijk gereserveerd voor haar en haar gevolg.

Aan de zuidkant van de zuilenhal bevatte de hoofdvleugel twee rijen met zes appartementen. Elk appartement bestaat uit een grote zaal of soms twee kleinere zalen met pilaren. De westelijke vleugel bevat nog eens zestien appartementen, op dezelfde manier ingedeeld.

Behalve de toegang vanuit de Raadszaal tot het noordelijke deel van de hoofdvleugel van de Harem, waren er ook twee trappen naar de westvleugel van het paleis van Xerxes. Er waren bovendien twee uitgangen naar binnenplaatsen of binnentuinen. Een derde uitgang aan de oostkant van de westelijke vleugel kan hebben geleid naar een open ruimte of misschien naar een afgesloten ruimte waarvan de begrenzing is verdwenen.

De belangrijkste vleugel van de harem werd door Herzfeld opgegraven en gerestaureerd. Een groot deel van het gebouw diende behalve als woonruimte voor de expeditiemedewerkers ook als werkplaats waar de schoonmaak, de etikettering, en het herstel van de voorwerpen plaatsvond. Ten slotte werd het voorste gedeelte van de harem gerestaureerd en omgebouwd tot een museum waar een aantal van de in Persepolis gevonden voorwerpen te zien is.

Diverse bouwwerken in Persepolis

Vlakbij de zuidoost hoek van het complex lagen aan de voet van de berg gebouwen van bescheiden omvang, waarvan wordt aangenomen dat het de verblijven waren van het garnizoen en misschien voor ambachtslieden. Meteen ten oosten ervan was een vierkante toren van lemen baksteen, één van een rij torens die met elkaar verbonden waren door een 10 meter dikke muur die langs de oostelijke rand van het complex aan de voet van de Kuh-i Rahmat liep en die samenkwam met de muur met verdedigingstorens die vanaf de hoeken van het complex tegen de helling opliep langs de top van de Kuh-i Rahmat.

De zuidwest hoek van het complex, ten westen van het paleis van Xerxes, kan ooit de locatie zijn geweest van een paleis van Artaxerxes I, maar de resten die daar zijn gevonden hoorden bij een bouwwerk dat Paleis H wordt genoemd en dat na het Achaemenidische tijdperk in elkaar gezet is door een onbekende bouwer met hergebruikte stukken bouwmateriaal en ornamenten van oudere gebouwen op het complex.
De resten van Paleis G ten noorden van het paleis van Xerxes waren ook van een post-Achaemenidisch gebouw op de plek van een verwoest ouder bouwwerk, misschien een paleis van Artaxerxes III. Ten oosten van het Paleis van Xerxes lagen stukjes van Paleis D, waarschijnlijk het fundament van een ander gebouw uit puin van Achaemenidische gebouwen. Andere post-Achaemenidische overblijfsels zijn o.a. lemen doodskisten die bij de bron ongeveer 1 km ten noorden van het complex waren begraven, in een spleet aan de voet van de berg.

De inhoud van de Schatkamer en andere ontdekkingen

Wat vroege historici schreven over de rijkdom van Persepolis was zeker niet overdreven. Zo leren we van de Griekse historicus Diodorus Siculus dat Persepolis de rijkste stad was onder de zon met huizen vol goud en zilver en allerlei rijkdommen. Op basis van zijn verslagen en die van anderen, zouden expedities van het Oriental Institute naar verwachting een enorme hoeveelheid objecten opbrengen. Helaas, Alexander en zijn leger zijn met het brandstichten en plunderen van Persepolis in 331/30 v.Chr. zeer grondig tewerk gegaan. Wat het Oriental Institute heeft gevonden waren objecten die door de Macedoniërs ofwel het hoofd gezien waren of die ze per ongeluk hebben laten vallen.

Verreweg het grootste aantal vondsten is afkomstig uit de koninklijke schatkamer. Andere gebouwen van het complex bevatten veel minder objecten. Veel van deze vondsten waren fragmenten van buit uit oorlogen met andere landen, zoals Griekenland, Egypte en India, of bewijzen van eerbetoon van aan het rijk onderworpen naties. Sommige inheemse objecten vertonen duidelijk buitenlandse culturele invloeden. We weten uit opgegraven tabletten dat Darius I vele buitenlandse kunstenaars en werknemers naar zijn hof liet komen. Hun vaardigheden en inspiratie werden toegepast, maar nooit gekopieerd door de Perzen.

Kleitablet uit de Schatkamer

In het puin van de Schatkamer zijn honderden kleitabletten met inscripties in Elamitisch spijkerschrift ontdekt. Deze tabletten, die oorspronkelijk in de zon gedroogd werden, zijn gebakken door de hitte van de enorme brand die het gebouw verwoest heeft, zodat velen intact werden gevonden in plaats van al lang geleden tot stof te zijn verkruimeld. Deze tabletten, die voor het grootste deel in het oude Perzisch zijn geschreven met de bijbehorende vertaling in Elamitisch en Babylonisch, waren van grote waarde voor de opgravingen.
We leren hierdoor over de aanwezigheid in Persepolis van geschoolde arbeiders uit vele delen van het rijk, steenhouwers en graveurs uit Egypte, goudsmeden uit Caria, en ornamentmakers uit Susa. Sommige tabletten vermelden ook de maand en het jaar van de regering van Darius of Xerxes toen een bepaald werk werd uitgevoerd en het bedrag van de compensatie – hetzij in natura of in geld – dat de werknemers ontvingen. Andere tabletten bevatten verslagen van verkopen, van onderhandelingen over land, te betalen belastingen, of van de hoeveelheid geld dat geleend is uit de schatkist. Tot slot geven enkele tabletten instructies over de hoeveelheid haoma, de heilige bedwelmende drank, die kan of moet worden gebruikt bij een eredienst.
Zegels en zegelafdrukken

De chronologie van de Persepolis vondsten was grotendeels traceerbaar door de inscripties op zegels, muurpluggen en funderingsplaten die werden ontdekt. Meestal stond de naam van de Achaemenidische heerser van die tijd daar op. Cylinderzegels, meestal van steen, hebben vaak afbeeldingen, onder andere met krijgshaftige onderwerpen of jachttaferelen, rituelen en offers, of gevechten tussen dieren. De koninklijke zegels van Darius en Xerxes tonen altijd een koning die overwinnaar is bij een gevecht met wilde dieren of monsters, een scène die ook wordt afgebeeld in de koninklijke reliëfs.
Diverse vondsten

In het puin werden ook fragmenten gevonden van vaten, waarvan de opschriften aangeven dat ze gebruikt werden aan de koninklijke dis.
Andere vondsten waren rituele voorwerpen, mortieren en stampers, gewichten, en gereedschappen. Tot slot werden er in de schatkamer en de verblijven van het garnizoen honderden fragmenten van krijgshaftig materiaal gevonden, o.a. pijlpunten, schedepunten, en leidsel ornamenten.

Omdat Alexander’s mannen zo grondig waren met de vernietiging en plundering van Persepolis, zijn slechts een paar fragmenten van sieraden, enkele gouden en zilveren munten, en wat zilveren knopen gevonden; geen enkel vat van edelmetaal werd teruggevonden. Er werd echter wel een aantal albasten kommen en flessen opgegraven, sommige met inscripties en data die aantonen dat ze tijdens de regering van Darius en Xerxes naar Persepolis uit Egypte als eerbetoon afkomstig zijn. Andere vaten waren gemaakt van een blauwgroene koper-calcium-tetrasilicaat verbinding, die  bekend staat als “Egyptisch blauw.” Dit waren zeer gewaardeerde importartikelen uit Egypte, waar het geheim van de productie van deze pasta al bekend was sinds de vierde dynastie.
De koninklijke graftombes en andere monumenten

Op ongeveer 4,8 kilometer ten noordwesten van Persepolis ligt de imposante vindplaats van Naqsh-i-Rustam in de bergketen van Husain Kuh, waar Darius de Grote en zijn opvolgers hun monumentale graven in de rotswand lieten uithouwen. Hier deed Herzfeld in 1933 een kort onderzoek en wat peilingen, maar pas in 1936 begon Schmidt de koninklijke tombes te ontruimen en te documenteren en de Ka’bah-i-Zardusht uit te graven.

Hoewel Naqsh-i-Rustam lang een heilig gebied was (zoals de overblijfselen van een pre-Achaemenidische reliëf aantonen), was Darius de Grote de eerste die het als begraafplaats uitkoos. Zijn opvolgers imiteerden niet alleen zijn idee van een graf in een rotswand, maar kopieerden ook de indeling van het graf zelf. De dramatische voorzijde van de tombe is geconstrueerd als een kruis. Een entree leidt naar de grafkamer, diep in de rots uitgehouwen. In het paneel boven deze voorzijde staat een reliëf met de beeltenis van de koning die op een voetstuk met drie treden voor een altaar staat. Zijn hand is opgeheven in een gebaar van aanbidding. Boven hem drijft de gevleugelde schijf van Ahuramazda, de god van de religie van Zarathoestra.
Dit tafereel wordt gesteund door troondragers uit de achtentwintig landen van het rijk. Op de zijpanelen staan de wapendragers en de Perzische garde van de koning. De drietalige spijkerschrift inscripties op drie vlakken van de rotswand vertonen een opsomming van de achtentwintig landen van de troon of verheerlijken de koning en zijn regering. Enkele sporen van pigment op de voorzijde van de koninklijke graven suggereren dat alle of de meeste stenen reliëfs beschilderd waren.